C3PO dispone de un departamento de I+D con un personal técnico altamente cualificado, equipado con el laboratorio y material de diseño y desarrollo necesarios para llevar a término estas actividades.

Una de las actividades principales del departamento es el diseño y desarrollo de lectores de tarjeta chip y la constante investigación por la mejora de sus productos. Cabe destacar que el I+D llevado a cabo por la empresa, no sólo se centra en el producto en sí, sino también en el software y aplicaciones relacionadas con el mismo.

Otra de las áreas en las que se centra la actividad del departamento, basada en la amplia experiencia y conocimiento del personal en materia de firma electrónica, es el desarrollo del middleware o librerías criptográfias, en diferentes sistemas operativos, para varias de las tarjetas existentes actualmente en el mercado, como pueden ser el DNI electrónico, la tarjeta CERES...

El constante afán e interés por la seguridad y por ser pioneros en el uso de las Nuevas Tecnologías, hacen que C3PO también este desarrollando proyectos tales como BioMatch, un lector de tarjetas inteligentes con securización biométrica.